平成２２年度より５年計画で、文部科学省　新学術領域研究　「パーソナルゲノム情報に基づく脳疾患メカニズムの解明」　においてゲノムインフォマティクス研究を担当することになりました。また本研究に関連して、博士研究員および技術員も募集しています。詳細は下記のホームページをご覧ください。

http://personal-genome.jp/

目的・概要　　本領域では、脳疾患の発症機構には全ゲノムを対象とした網羅的ゲノム配列解析（パーソナルゲノム解析）に基づくことが必須であるという考えに立ち、次世代シーケンサーを用いた大規模ゲノム配列解析研究、大規模ゲノム情報を扱うゲノムインフォマティクス研究、脳疾患遺伝子探索研究という３つの最先端研究領域を統合することにより、全く新しい研究領域を創成すること、このような学際的な研究領域に精通した人材を育成することより、脳疾患の発症機構の理解を飛躍的に高め、脳疾患の治療法開発基盤を実現し、その成果が，ゲノム科学・医学研究の幅広い分野の発展に貢献することを目指しています。

Shin Sasaki, Cecilia C. Mello, Atsuko Shimada, Yoichiro Nakatani, Shin-ichi Hashimoto, Masako Ogawa, Kouji Matsushima, Sam Guoping Gu, Masahiro Kasahara, Budrul Ahsan, Atsushi Sasaki, Taro Saito, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Yuji Kohara, Hiroyuki Takeda, Andrew Fire(#), Shinichi Morishita(#)
Chromatin-Associated Periodicity in Genetic Variation Downstream of Transcriptional Start Sites.
Science 16 January 2009: 401-404. 　(Published Online December 11, 2008)
# joint corresponding authors.

Summary: The periodic wrapping of DNA around nucleosomes in chromatin determines a periodic variation in mutation type and frequency around transcription start sites in a fish.

紹介記事
MOLECULAR BIOLOGY: The Structure of Change
Colin A. M. Semple and Martin S. Taylor
Science 16 January 2009: 347-348.
Summary: The organization of DNA and proteins into chromatin influences the location and rates of mutations across eukaryotic genomes.

Taro L. Saito and Shinichi Morishita. Relational-Style XML Query.
Proceedings of the 2008 ACM SIGMOD International Conference on Management of Data (ACM SIGMOD), Vancouver, 303-314, 2008.

日本オリジナルの遺伝子解析法と次世代シーケンサの出会いは新しい知見をもたらす (Nature 日本版12月号）
シークエンシングの新たな時代 (NPG ネイチャー・アジア・パシフィック 2007年12月号)

『実験医学』2008年4月増刊号 生命研究への応用と開発が進むバイオデータベースとソフトウェア最前線　（森下　阿久津 編）　
超高速シークエンサ関係の解説が数件あります

第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会　合同大会　2008/12/9 – 12
シンポジウム「超高速シーケンサーとバイオインフォマティクス」(オーガナイザー　森下　鈴木穣)
講演予定者（敬称略）　Pacific Biosciences, 菅野純夫, 藤山秋佐夫, 服部正平, 間野博行, 橋本真一, 笠原雅弘, 森下真一

Yoichiro Nakatani, Hiroyuki Takeda, Yuji Kohara, Shinichi Morishita.
Reconstruction of the Vertebrate Ancestral Genome Reveals Dynamic Genome Reorganization in Early Vertebrates.　Genome Research
advance online version (open access)　supplementary information

ヒト、チキン、メダカ、ホヤという進化的に離れた生物種のゲノムを比較することにより、2回の全ゲノム重複が起こる以前の脊椎動物祖先染色体を推定し、その後の進化の過程でどのように染色体が再編成してきたかを解析しました。

解説記事
森下真一，中谷洋一郎　「比較ゲノムを支える情報学：脊椎動物ゲノム進化を推定するロジック」　細胞工学別冊「比較ゲノム学から読み解く生命システム」　2007年9月
Sémon M, Wolfe KH. Consequences of genome duplication. Curr Opin Genet Dev. 2007 Dec;17(6):505-12. Epub 2007 Nov 19. Review.
Muffato M, Crollius HR. Paleogenomics in vertebrates, or the recovery of lost genomes from the mist of time. Bioessays. 2008 Feb;30(2):122-34.

Masahiro Kasahara(*), Kiyoshi Naruse(*), Shin Sasaki(*), Yoichiro Nakatani(*), Wei Qu, Budrul Ahsan, Tomoyuki Yamada, Yukinobu Nagayasu, Koichiro Doi, Yasuhiro Kasai, Tomoko Jindo, Daisuke Kobayashi, Atsuko Shimada, Atsushi Toyoda, Yoko Kuroki, Asao Fujiyama, Takashi Sasaki, Atsushi Shimizu, Shuichi Asakawa, Nobuyoshi Shimizu, Shin-ichi Hashimoto, Jun Yang, Yongjun Lee, Kouji Matsushima, Sumio Sugano, Mitsuru Sakaizumi, Takanori Narita, Kazuko Ohishi, Shinobu Haga, Fumiko Ohta, Hisayo Nomoto, Keiko Nogata, Tomomi Morishita, Tomoko Endo, Tadasu Shin-I, Hiroyuki Takeda(#), Shinichi Morishita(#), and Yuji Kohara(#).
The medaka draft genome and insights into vertebrate genome evolution.
Nature 447, 714-719 (2007)
* joint first authors. # joint corresponding authors.
doi:10.1038/nature05846
Supplementary Information

2007年6月4日、文部科学省での記者会見の際の集合写真

後列左より：　笠原雅弘, 佐々木伸, 中谷洋一郎, 山田智之, バドルルアーサン, 曲薇, 成瀬清先生
前列左より：　森下真一, 武田洋幸先生, 小原雄治先生

本研究は、小原研究室、武田研究室、森下研究室、藤山研究室、橋本真一博士等が中心となり進めました。森下研究室ではバイオインフォマティクス解析を担当しました。詳しくは笠原雅弘、佐々木伸がゲノム解読ソフトウエア Ramen の開発とゲノムアセンブリ、中谷洋一郎が脊椎動物ゲノム進化、曲薇が比較ゲノム、バドルルアーサンが遺伝子予測、山田智之が繰り返し配列推定、笠原／佐々木がSNPマーカーの設計、佐々木／曲が遺伝子進化速度、山田／アーサン／永安／土井／笠井らがゲノムブラウザー、森下が小原先生、武田先生とともに研究管理と論文執筆を担当しました。

11/2006 ゲノムひろば2006　東京　研究報告：「脊椎動物のゲノム進化の歴史‐コンピュータをつかって推定しよう‐」
12/2006 分子生物学会　シンポジウム「比較ゲノム研究による生命システム解明への挑戦」　メダカゲノムに基づく脊椎動物ゲノム進化
01/2007 ゲノム4領域 成果公開シンポジウム　メダカゲノムのアセンブリと比較ゲノムによる進化解析
03/2007 比較ゲノム主催 国際ワークショップ　「Origin of Vertebrates」　The medaka draft genome: new insights into vertebrate genome evolution

議論に参加させてもらって楽しかった本です

斎藤成也　編著
ゲノムはここまで解明された
WEDGE

メダカゲノム新しいアセンブリが UT Genome Browser から公開になりました　http://medaka.utgenome.org/
メダカゲノムは Pre! Ensembl からも閲覧可能です　http://pre.ensembl.org/Oryzias_latipes/index.html