過去の講義ノート

2021年度以降すべてITCLMS へ移行
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2020年度 生物情報ソフトウエア論 I & II

2020/4/23 – 7/16 毎週木曜日2限(10:25-12:10 105分)
zoom によるオンライン配信
meeting ID とパスワードは UTAS の講義シラバスに記載してあります。
講義ノートは、ITC-LMS に順次毎週置いてゆきます。パスワード付きです。
試験は実施せず、プログラミング演習により成績を評価します。

生物情報ソフトウエア論 I (S1ターム)
(4/23) 講義資料1
(4/23,30) 講義資料2  プログラム例
(5/7)  課題1の提出〆切り　休講日(月曜日の講義振替日のため)

(5/14) 大規模配列の超高速処理 / suffix array とは？　 講義資料3 プログラム例
(5/21) induced sorting 法で線形時間で suffix array を構築する 講義資料4 プログラム例 プログラム補足資料
(5/28) Burrows-Wheeler Transform で問合せを線形時間検索  講義資料5
(6/4) 課題２ 提出〆切り

生物情報ソフトウエア論 II (S2ターム)
(6/4) ゲノムアセンブリ / 大規模ゲノムを比較する Chaining 法 / 平衡２分木の活用　講義資料6
(6/11)  ゲノム修飾（エピゲノム）、 DNA 全域での観測方法、線形時間アルゴリズム　講義資料7
(6/18) 核内における DNA の折り畳み構造　講義資料8
２次元サンプルデータ2dim_D.tsv ３次元サンプルデータ3dim_D.tsv
(6/25,7/2) ヒトゲノムの構造 allele, genotype, haplotype, 連鎖不平衡領域
講義資料10
※ (6/25) に予定していた「機械学習 AdaBoost 法」は時間が足りなくなってきたので、今回は講義しません… 冬学期の情報基礎実験で助教の鈴木裕太君に講義してもらい演習を出題する予定です。
(7/2,7/9) ヒトゲノムの構造変異　疾患関連遺伝子の探索 全ゲノム相関解析
講義資料11  タンデムリピートのデータ(課題4-2)
(7/16 講義最終日) 連鎖解析 Lander-Green algorithm を理解する　講義資料12

2019年度　情報基礎実験 (森下研究室担当分)
日程　2019/12/5 – 2020/1/15  毎週火―金曜日3-4限（午後１時〜）
場所　理学部3号館 412講義室　(火、水、木曜日)
　　　310講義室（金曜日）部屋が変更になるので注意してください
全体のスケジュール

■毎回 30 分〜１時間程度講義します。講義後、プログラミング演習を同じ部屋でします。

■番号　　担当者　　課題名と講義資料
課題φ         森下真一　英語で論文を投稿して受理されるまで　資料  解答例
課題①　　森下真一　繰返し構造 O(n²), O(n log n)   資料　補足　データ1　データ2  〆切2月末
課題②　　森下真一　配列アラインメントの下界  Ω(n²)　資料  12/26 に最後の演習します（12/25 は演習なしです）〆切2月末
課題③　　鈴木裕太　中林亮　区間分割アルゴリズム 資料
課題④　　鈴木裕太　Boosting (2値クラス分類問題および連続値回帰問題) 資料
課題⑤　　舛谷万象　de Bruijn graphとその表現 データ(zip,tar.gz) 資料
課題⑥　　太田力文　統計遺伝学（GWAS, Risk Score）資料1  資料2  データ
課題⑦　　市川和樹　クラスタリング　１細胞データ
課題⑦-1 k-means clusteringの実装(2020/1/7に一部内容を更新) 講義資料
課題⑦-1 テスト用データ three_clusters.txt
課題⑦-1 入力プログラム(c) read_data.c
課題⑦-1 入力プログラム(c++) read_data.cpp
課題⑦-1 乱数プログラム rand_data.cpp
課題⑦-1 プログラムの仕様メモ kadai1-1.txt
課題⑦-2 k-means clusteringの高速化 講義資料
課題⑦-3 single cell dataのクラスタリング講義資料
課題⑦-3 PCAで次元削減した遺伝子発現量データfour_cell_types_gene_expression.txt
課題⑦-3 t-SNEで次元削減した遺伝子発現量データfour_cell_types_t_SNE.txt
課題⑦-3 細胞のアノテーションデータfour_cell_types_lebal.csv

（①か②は選択、③か④は選択、⑤と⑥は選択）

■日程
12/5,6 課題φ、①
12/10-13　課題③、④
12/17-20　課題⑤、⑥
12/24-27 課題②
1/7-15　課題⑦

2019年度 生物情報ソフトウエア論 I & II

2019/4/11 – 7/25 毎週木曜日2限(10:25-12:10 105分)
理学部3号館 412講義室
（講義資料のパスワードは講義時間に連絡します)

演習課題ですが、学部学生の人は 8/14 までに、大学院生の人は 8/4  までに送ってくれればコメント・採点できます。

生物情報ソフトウエア論 I

  • (4/11)  講義の背景  講義資料1
  • (4/11,18) Quick Sort / Introspective Quick Sort   Ternary Split Quick Sort / Radix Sort / k 番目の元を線形時間で計算   講義資料2
  • (4/25) suffix array, O(n log n) 時間　講義資料3
  • 課題2 Suffix array の実装 O(n log n) の〆切は、4/25 に説明をすべて終えることができなかったため、 5/16 に講義をしますので、5/23 へ延期します。
  • (5/16) induced sorting 法で線形時間で suffix array を構築する講義資料4
  • (5/23) DNA 中の完全一致配列の検索　講義資料5
  • (5/30) 生物情報ソフトウエア論 I 筆記試験（時間 10:25 – 12:10 ）問題1解答例
    過去問（2015-2018年度） archive

生物情報ソフトウエア論 II

  • (6/6) DNAの機能的区間分割  講義資料6
  • (6/13) 核内における DNA の折り畳み構造  講義資料7
  • (6/20) ゲノムアセンブリ 大規模ゲノムを比較する Chaining 法  講義資料8
  • (6/27) 機械学習　クラス分類問題　AdaBoost  講義資料9
  • (7/4) ヒトゲノムの構造　講義資料10
  • (7/11)メンデル性遺伝病関連遺伝子の探索　連鎖解析 講義資料
  • (7/18) ヒトゲノムの構造変異 多因子疾患関連遺伝子の探索 GWAS 講義資料
  • (7/25) 解答例はもう少し待ってください。。

参考書

  • プログラミングが初めてで、デバッグに疲れプログラミングが嫌いになりそうだったら、まず、以下の本でいろいろなアルゴリズムをC言語で実装したプログラムを入手して、動かして慣れてみることをお勧めします
    奥村晴彦著「C言語による標準アルゴリズム事典」amazon
  • プログラミングに慣れてきて、アルゴリズムの設計を深く理解したい人は
    Cormen, Leiserson, Rivest, Stein “Introduction to Algorithms”  amazon

2018年度 情報基礎実験 (森下研究室担当分)
日程 2018/12/4 – 2019/1/11  毎週火―金曜日3-4限 (午後1時~)
場所 理学部3号館 412講義室

ガイダンス資料
課題① 森下真一 繰返し構造の検出   問題解説, data1問題, data2問題, data2答え, 補足資料
課題② 森下真一 配列アラインメントの下界   問題解説
課題③ 市川和樹 クラスタリング
(12/11)課題③-1 k-means clusteringの実装 講義資料

課題③-1 テスト用データ three_clusters.txt
課題③-1 入力プログラム(c) read_data.c
課題③-1 入力プログラム(c++) read_data.cpp
課題③-1 乱数プログラム rand_data.cpp
課題③-1 プログラムの仕様メモ kadai1-1.txt

(12/12)課題③-2 k-means clusteringの高速化 講義資料
(12/13)課題③-3 x-means clusteringの実装 講義資料
(12/14) 講義なし

課題④ 舛谷万象 ゲノムアセンブリ講義資料
(2019/1/8-9) 課題⑤ 鈴木裕太 区間分割アルゴリズム (→講義資料)
input用 bisulfite 計測データの例(adipose tissue): methylation.wig.gz readcov.wig.gz
その他のサンプルのデータ
(2019/1/10-11) 課題⑥ 鈴木裕太 Boosting (2値および数値クラス分類問題) (→講義資料)

スケジュール
12/4-11 課題①② (〆切12/11)
12/11-14 課題③ (〆切 12/18)
12/18-21 課題④ (〆切 12/26)
1/8-11 課題⑤⑥ (〆切 1/15)

2018年度 生物情報ソフトウエア論 I & II

2018/4/5 – 7/26 毎週木曜日2限(10:25-12:10 105分)
理学部3号館 412講義室
（講義資料のパスワードは講義時間に連絡します)

生物情報ソフトウエア論 I

  • (4/5)  講義の背景  講義資料1
  • (4/12) 講義日ではないです（入学式のため）
  • (4/5,19) Quick Sort / Introspective Quick Sort   Ternary Split Quick Sort / Radix Sort / k 番目の元を線形時間で計算 講義資料2  訂正(4/28) 演習問題 1.1
    「不正確に動作する例を示せ。」→「不正確に動作するか考えよ。」 
  • (4/26) Suffix array, O(n log n) 講義資料3
  • (5/3) 休日 (5/10) 休講 
  • (5/17) Suffix array, O(n) 講義資料4
  • (5/24) Burrows-Wheeler 変換, 講義資料5
  • (5/31) 試験  解答案

生物情報ソフトウエア論 II

  • (6/7) DNA 間の比較ゲノム / Chaining  / 平衡２分木の活用 講義資料6
  • (6/14)   休講
  • (6/21) ゲノム修飾 / DNA 全域での観測方法 / 線形時間アルゴリズム 講義資料7
  • (6/28) 核内における DNA の折り畳み構造 講義資料8
  • (7/5)  ヒトゲノムの構造 allele, genotype, haplotype, 連鎖不平衡領域 講義資料9
  • (7/12)  疾患関連遺伝子の探索 GWAS（全ゲノム相関解析）講義資料10
  • (7/19) メンデル性遺伝病関連遺伝子の探索 連鎖解析, 個人ゲノム解析 講義資料11
  • (7/24 ３限に補講)  機械学習 AdaBoost法  講義資料12
  • (7/26) 試験7/5 の講義順番を若干変更しました（AdaBoost法を最後へ）

(7/15) 講義とは関係ないのですが、海外大学院説明会が 7月15日(日) 14:00- 東大工学部2号館であります。Stanford 大学博士課程に留学中の谷川洋介君(6期生)の話があります。web site

2017年度 情報基礎実験 (森下研究室担当分)

日程 2017/12/5 – 2018/1/11  毎週火―金曜日3-4限
場所 理学部3号館 412講義室

以下、実験資料です。

2017年度 生物情報ソフトウエア論 I & II

2017/4/6 – 7/27 毎週木曜日2限(10:25-12:10 105分)
理学部3号館 412講義室 （講義資料のパスワードは講義時間に連絡します)

生物情報ソフトウエア論 I
DNA 等の巨大文字列処理を例に O(n log n)-時間 および 線形時間アルゴリズムの作り方を学ぶ。

2016年度 生物情報科学演習(森下研究室担当分)
日程 2016/12/6 – 2016/1/12  毎週火―金曜日3-4限
場所 理学部3号館 302演習室

選択課題 ２つ以上を選択
課題① 森下真一   編集距離問題の計算量下界の現状/クラスタリングのNP困難問題
課題② 鈴木裕太   線形時間アルゴリズム DNA 区間推定問題
課題③ 甕 湧一      Persistent Homology
課題④ 鈴木慶彦   アラインメントの超高速化とゲノムアセンブリ

2016年度 生物情報ソフトウエア論 I & II
2016/4/14 – 7/28 毎週木曜日2限(10:25-12:10 105分)
理学部3号館 412講義室 （講義資料のパスワードは講義時間に連絡します)

生物情報ソフトウエア論 I
DNA 等の巨大文字列処理を例に、O(n log n)-時間および線形時間アルゴリズムの作り方を学ぶ。

(4/7)    休講
(4/14)
講義の背景 Sortの講義資料（若干説明を追加 4/20）
Quick Sort 例（Cのコード）
(4/21)
ヒープとスタック / Quick Sort の改善 / Introspective Quick Sort
プログラム / Ternary Split Quick Sort / Radix Sort / k 番目の元を線形時間で計算する
Introspective Sort を実装している様々なライブラリ
k 番目の元を線形時間で計算するアルゴリズムの計算量解析
(4/28) 
大規模配列の超高速処理 / suffix array とは？
Doubling 法で O(n log n) 時間で suffix array を構築する Larsson-Sadakane アルゴリズム
4月末〆切
Sorting の演習課題１
(5/12) 
induced sorting 法で線形時間で suffix array を構築する
(5/19)
DNA 中の完全一致配列の検索 / Burrows-Wheeler Transform で問合せを線形時間検索
(5/26)
DNA 中の類似配列の検索 / Seeded alignment
(6/2)
生物情報ソフトウエア論 I 筆記試験 （時間 10:25 – 12:10 ）
試験問題 解答例

生物情報ソフトウエア論 II
(6/9) 休講
(6/16)
Chaining, 比較ゲノム
(6/23)
遺伝子転写, DNAメチル化, ヒストン修飾
(6/30)
クロマチン構造、DNA３次元折り畳み構造
6月末〆切
Suffix array (演習課題２−３) / Burrows-Wheeler Transform （演習課題４）
(7/7)
人類遺伝学の基礎: allele, genotype, haplotype, 連鎖不平衡
(7/14)
人類遺伝学の基礎: 全ゲノム相関解析 (Genome-wide Association Study, GWAS)
(7/21)
２限 人類遺伝学の基礎: 連鎖解析 (Linkage Analysis), Lander-Green algorithm
個人ゲノム解読
３限 6/9 分の補講  機械学習における過学習の回避, AdaBoost algorithm
(7/28)
生物情報ソフトウエア論 II 筆記試験 （時間 10:25 – 12:10 ）
試験問題 解答例
8月末〆切
Chaining 課題（演習課題５）

2015年度 生物情報科学演習 (森下研究室担当分)

2015/12/8 – 2016/1/14  毎週火―金曜日3-4限
理学部3号館 302演習室
Teaching Assistant: 市川和樹, 鈴木裕太, 鈴木慶彦, 富岡真悟
TA控室 理学部3号館 309号室

      • 12/9
        イントロダクション（森下）
        課題①−１（鈴木裕太） (資料 20151208w_ensyu.pdf 課題データ)
      • 12/11 課題①−２（市川和樹）(資料：ichikawa_20151211.pdf)
      • 12/15 関連研究 ヒトゲノム解読の現状 原稿 図（森下）
      • 12/16 関連研究 １分子実時間シーケンシング 原稿 図（森下）
      • 12/17 〆切 課題①−１
      • 12/17 説明 課題②（市川和樹）(資料：K-means-ACC_20151217.pdf)
      • 12/22 説明 課題③（鈴木裕太）(資料: 20151222w_ensyu , MDL基準によるモデル選択)
      • 12/24 説明 課題④（鈴木慶彦）(資料: スライド(1/12再アップロード)、C言語でのスレッドの使い方)
      • 12/30 〆切 課題①−２
      • 1/5 再説明 課題② （市川和樹）
      • 1/6 再説明 課題③ ＋ アレル特異的DNAメチル化の動向（鈴木裕太）
      • 1/12 再説明 課題④ ＋
        メタゲノムアセンブリとメチル化研究の動向（鈴木慶彦）(ゲノムアセンブリについて)
      • 1/14 関連研究
        ロングリード(PacBio+bionano)を使ったゲノムアセンブリの最先端（市川和樹）(資料：ichikawa_20160114.pdf)
        クロマチン構造研究の数理的アプローチ（森下）（資料）
      • 1月末 → 2/15 〆切 課題②、③、④
      •  〆切ですが 2/15 は大変で少し延ばして欲しいという要望もありましたので、3/10 まで受け付けます。よろしくお願いします。。（2/16 森下）

2015年度 生物情報ソフトウエア論 I & II
2015/4/9-7/30 毎週木曜日2限(10:25-12:10 105分)
理学部3号館 412講義室 （講義資料のパスワードは講義時間に連絡します)

生物情報ソフトウエア論 I： DNA 等の巨大文字列処理を例に、O(n log n)-時間および線形時間アルゴリズムの作り方を学ぶ。

(4/9)  講義の背景 
１分子シーケンサーのビデオ PacBio  Nanopore

(4/9-16) Quick Sort / ヒープとスタック / Introspective/ Ternary Split / Radix
プログラム 例（Cのコード）
Introspective Sort を実装している様々なライブラリ
Sorting のアニメーション ① ②

(4/23)  大規模配列処理 / Suffix array, Doubling O(n log n)
息抜き シーラカンスゲノム 論文 図２(Conserved limb enhancers) 岡田典弘先生の解説

(4/30) Linear-time suffix array construction by induced sorting
アルゴリズム実装のための補足資料 (Nong らの実装方式を解説)

4月末〆切 Sorting の演習課題１   (5/7) 講義振替日で休みです

(5/14)  k番目の要素を選択する線形時間アルゴリズム
             DNA 中の完全一致配列の検索 / Burrows-Wheeler Transform

(5/21, 28)  DNA 中の類似配列の検索 / Seeded alignment
息抜き 4300万人の家系図

(6/4) 生物情報ソフトウエア論 I 筆記試験 （時間 10:25 – 12:10 ）
実施済み 試験問題 解答案  解答案_問題2
（著作権がないのでパスワードもないです）
（問題4(4)は mt=4 の場合を解説しており解答例として不備があります。出題している mt=3 の場合は同じような論法で修正する必要があります。）

6月末〆切 Suffix array （演習課題２−３）/ Burrows-Wheeler Transform （演習課題４）

生物情報ソフトウエア論 II： DNAの応用について学ぶ。具体的には、異なる種のゲノム間の比較、ヒトゲノムと疾患関連遺伝子の探索、ヒトゲノムから分かる民族の分類、DNA・ヒストンの化学的修飾と機能ドメインの推定、DNA３次元構造。

(6/11)  DNA 間の比較ゲノム / Chaining and comparative genomics / 平衡２分木の活用

(6/18)  人類遺伝学の基礎 allele, genotype, haplotype, 疾患関連遺伝子探索
アレルと遺伝子型の現在最大級DB ExAC (Broad@MIT/Harvard)  例 ALDH2
ハプロタイプの推定 契機となった論文(2012) Moleculo (2014)  10X(2015)

(6/25)  人類遺伝学の基礎 連鎖不平衡, GWAS（全ゲノム相関解析)

(7/2)  人類遺伝学の基礎 連鎖解析,   パーソナルゲノム解析

１分子シーケンサーのビデオ PacBio  Nanopore

(7/9,16) 遺伝子転写, DNAメチル化, ヒストン修飾, DNA３次元折り畳み構造

(7/16) DNA３次元折り畳み構造予測（概略）
Organization of the Mitotic Chromosome (YouTube)
A 3D Map of the Human Genome (YouTube)

(7/23)   変異体イメージからの量的形質を測定する画像処理技術
楕円をあてはめる最適化アルゴリズムの解説 (9MBもある MS Word -> PDF)
上田泰己先生の組織透明化の論文に掲載された美しい動画へのリンク

(7/30) 生物情報ソフトウエア論 II 筆記試験 （時間 10:25 – 12:10 ）

8月末〆切 Chaining 課題（演習課題５）

2015年度 卒研ローテーション (4-5月)

Epigenome 関係の論文

ENCODE 2012/2015 の ChromHMM の実装 (2012) ページ7-8がポイント。この論文の責任著者の Manolis Kellis 先生 (MIT Broad Institute) が５月に来日します。5/22 に下記の会議で講演していただきます。同じセッションで PacBio の創業者でSMRT sequencing を研究開発した Jonas Korlach 博士も講演していただけます。

第11回国際ゲノム会議(11AGW)

Discriminative prediction of mammalian enhancers from DNA sequence (2011)  DNA 上の一部の配列モチーフから epigenome state を予測できるという論文。String kernel, SVM を利用。広く使われている。Methodsの support vector machine のパラグラフが大事。

Predicting the human epigenome from DNA motifs  (2015) 同じくDNA 上の一部の配列モチーフから epigenome state を予測できるという論文。position-weight matrix (PWM) を利用。

Hi-C DNAの３次元的折り畳み構造

哺乳類での３次元構造：Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions (Nature, 2012)  クロマチン構造が凝縮する topological domain を同定ている。ヒストン修飾との関係も分析している。

１分子計測：Single-cell Hi-C reveals cell-to-cell variability in chromosome structure (Nature, 2013)  初めて１分子で Hi-C を実現した論文

高解像度 Hi-C:A 3D Map of the Human Genome at Kilobase Resolution Reveals Principles of Chromatin Looping (Cell, 2014) Hi-C を2009年に提唱した Lieberman Aiden らが解像度を 1 Kb レベルに向上させた論文

おまけ：Inching toward the 3D genome (Science, 2015) 楽しい１頁の記事です。上の論文の解説なのですが、米国が３次元クロマチン構造およびヌクレオソーム構造解明に本気になったという4D Nucleosome program にも触れています。

Edelsbrunner, H., A short course in computational geometry and topology (2014)  代数幾何と代数トポロジーの教科書。学内からは pdf を無料で入手できますが、上手くゆかない場合は、教えてください。

１塩基変異情報からの人種の分類

イギリス人の分類 (2015) 非常に細かい分類ができる

この分類で使われた高感度な計算方法 ChromoPainter and fineSTRUCTURE (2012) haplotype 情報を活用

ADMIXTURE 上の論文が出る前には最も利用されていた方法 (2009)

１分子リアルタイムDNAシーケンサーの動画

PacBio  Nanopore Nanopore の精度を評価した論文(2015)

Transgenerational Epigenetic Inheritance

DNA methylation

The Salk Insitute – Ecker Lab – Publications

H3K9me3

A nuclear Argonaute promotes multigenerational epigenetic inheritance and germline immortality

Amplification of siRNA in Caenorhabditis elegans generates a transgenerational sequence-targeted histone H3 lysine 9 methylation footprint

Structural Variation 構造変異

Resolving the complexity of the human genome using single-molecule sequencing. Nature. 2014. Sanger法で読めなかったヒトゲノムのギャップ領域をPacBio で埋め、Structural variation を網羅的に解析した論文。Evan Eichler のグループからの論文。

Genome sequencing identifies major causes of severe intellectual disability (2014) 構造変異が知能障害と関連している可能性を示唆した論文

参考になるページ

Changing the Definition of Sequencing, 10X  動画が美しい。この原理については例えば

Whole-genome haplotyping using long reads and statistical methods

を読んで下さい。

BGI 世界最大級のゲノムシーケンシングセンター

Transgenerational Epigenetic Inheritance について補足情報 (4/23更新 / 鈴木より)

2014年度 生物情報科学演習 (森下研究室担当分)

2014/12/16 – 2015/2/3  毎週火―金曜日3-4限

理学部3号館 302演習室

Teaching Assistant: 市川 和樹, 鈴木 裕太, 甕 湧一

演習課題の提出は 2015/3/20 までにお願いします。

課題① 大規模な生物データを取得して、情報処理するのに役立つツール

課題② 生物データとクラスタリングの高速化（NP困難問題と枝刈り法）

課題③ エピゲノムとDNA 区間推定問題（線形時間アルゴリズム）

課題④ Multi-Dimensional Scaling を使った DNA３次元構造予測（動的計画法、線形代数）

2014/12/16 13:00-

はじめに 森下真一 (資料: agenda2014.pdf)

課題④の解説 甕 湧一 (資料 2015/1/27 更新済み： chromatin_conformation_2014、 入力データ: 必要な方は甕までメールをください)

2014/12/17 13:00-

課題①の解説 市川和樹 (資料：ichikawa_20141217.pdf)

鈴木裕太 (資料 PDF 課題データ)

2014/12/18 13:00-

課題②の解説 市川和樹（資料：K-means-ACC_2014.pdf)

2014/12/19 13:00-

課題③の解説 鈴木裕太(資料 PDF)

Unix の利用方法

Windows に Ubuntu を入れる方法

PuTTYと公開鍵暗号をつかって学科のサーバーにログインする際に参考になるページ（学科サーバーのIDは玉田先生からもらって下さい。）

PuTTY で鍵交換方式による SSH 接続

PuTTY の使い方

情報生命科学専攻の大学院生用の並列サーバへのアクセス方法

※サーバーのアドレスを変更すれば学科サーバに繋げることができます。

2014/12/23 – 2015/1/4 冬休み

2015/1/6 13:00-

課題①に関係して

高いGC率のDNAが読みにくい理由(2012 年の資料)

Sanger法で読めなかったヒトゲノムのギャップ領域をPacBio で埋めた論文 (Resolving the complexity of the human genome using single-molecule sequencing. Nature. 2014.)

2015/1/8 13:00-

課題①に関係して

病気の原因となるDNA変異についての従来の考え方（環境要因、遺伝体質）よりも幹細胞分裂回数に注目すべきことを示唆した論文 解説

Tomasetti, C., & Vogelstein, B. (2015). Variation in cancer risk among tissues can be explained by the number of stem cell divisions. Science, 347(6217), 78–81

2015/1/13 13:00- 課題④の再解説 甕 湧一 (資料： chromatin_conformation_2014、 入力データ: 必要な方は甕までメールをください)

2015/1/15 13:00- 課題①の再解説 市川和樹 (資料：ichikawa_20141217.pdf)

課題②の再解説 市川和樹（資料：K-means-ACC_2014.pdf)

2015/1/20 13:00- 課題③の再解説 鈴木裕太(資料 PDF)

2015/1/23 13:00- 課題③に関連する話題 DNAメチル化と string kernel  森下

2015/1/27 13:00- 課題④に関連する話題 3D構造モデルのtopological data analysis 甕 湧一

2015/1/29 13:00- 月曜日の授業振替日でした… すいません

2015/2/3 13:00-

情報基礎実験の冬学期授業評価アンケートを取るので集まって下さい。

日本学術振興会 Nobel Prize Dialogue Tokyo (この会議の参加登録は直ぐに一杯になってしまいましたがネット配信するそうです。23日に紹介すべきでした…)

演習課題の提出は 2015/3/20 までにお願いします。

2014年度 生物情報ソフトウエア論 I & II

2013/4/10-7/24 毎週木曜日2限 理学部3号館 412講義室 講義資料 (パスワードは講義時間に連絡します)

2013年度 生物情報科学演習 (森下研究室担当分)

2013/12/10 – 2014/1/29  毎週火―金曜日3-4限 理学部3号館 302演習室

Teaching Assistant: 市川 和樹, 大石 晶一朗, 鈴木 裕太

はじめに

課題① 大規模な生物データを取得して、情報処理してみる。

その時に役立つツールを紹介。

2013/12/10 13:00- shell script, make, R (大石) (資料 : 20131210soishi)

2013/12/11 13:00- sed, awk, gnuplot (鈴木) (資料：1211w_ensyu.pdf) (課題 : enshu.tar.gz)

〆切 2013年12月末

課題② suffix array, BWT, Chaining アルゴリズムを使った大規模ゲノム配列の比較と構造多型の推定 担当 大石

2013/12/17 13:00- 課題の解説 (資料：20131217soishi.pdf)

課題③ 生物データのクラスタリングと高速化 NP 困難問題の枝刈りアルゴリズムの実装  担当 市川

2013/12/18 13:00- 課題の解説（資料：K-means-ACC_2013.pdf)

課題④ DNA を機能区間に分類する 線形時間区間推定アルゴリズムの実装 担当 鈴木

2013/12/19 13:00- 課題の解説(資料: w1219.pdf)

2014/1/9 13:00- ヒトゲノムの謎 （課題②と関係する研究最前線の状況） 森下

2014/1/14-17 2014/1/14 13:00- DNA修飾周辺の話題 （課題④と研究最前線の状況） 森下

2014/1/16 (木) 13:00- 課題の再説明 課題② (Chaining 担当 大石), 課題④ (機能区間分類 担当 鈴木)

2014/1/21-24, 28,29 2014/1/21 (火) 13:00- 課題の再説明 課題③ (クラスタリング 枝刈り 担当 市川)

2014/1/28 (火) 13:00- 2014/1/28 (火) 13:00-

最終回 予測、観測、発見の例 森下

2012年度 生物情報科学演習 (森下研究室担当分) 2012/11/6 – 12/7 理学部3号館 302演習室 12月中は毎週水曜日 大石晶一朗君が 309号室で質問等に答えてくれます。 演習資料 (パスワードは演習時間に連絡します)

補足資料（ミスマッチおよびギャップを許して問合せ配列をゲノム上にアラインメントする）
プログラミング言語参考書