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Lecture
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学部３年
講義名 生物情報ソフトウエア論 平成22年度夏学期 月曜日 ２限
教科書 LARGE-SCALE GENOME SEQUENCE PROCESSING 第１〜８章を講義
講義名 生物情報科学 情報基礎実験 平成22年度冬学期 10/26 〜2週間
本演習では次世代シーケンサーデータを解析する基本的なプログラムの作成を目指します。
講義名 生命情報表現論 平成22年度冬学期前半 水曜日2限
l 数理論理学
propositional logic, resolution, predicate logic,
Godel’s incomplete theorem
Al Aho and Jeff Ullman: Foundations of Computer Science, Chapter 12 & 14
(PDF files of the two chapters are available freely at http://infolab.stanford.edu/~ullman/focs.html
.)
l
NP完全性
Garey and Johnson: Computers
and Intractability: A Guide to the Theory of NP-Completeness
Chapter 2
講義名 生物データマイニング論 平成22年度冬学期後半 火曜日 2限
l
統計学の基礎
正規分布、幾何分布、二項分布、ポアソン分布、t検定、カイ二乗検定、Mann-Whitney 検定等、
l
クラスタリング
トップダウン、ボトムアップ、スプリンターグループ、k-means 法、最遠点法
l
クラス分類
決定木、feature
selection, association rule, k-nearest neighbor, naive Bayes, Boosting, SVM,
l
生物データ解析への応用発現量、表現型からの遺伝子機能予測
l
最適化手法
凸包探索、大域的最適化とデータマイニングへの応用、分岐限定法
過去の講義
学部２年
- 講義名：
総合科目「計算と知能の科学」
- 教養学部
- 日時：
平成１２年度夏学期 ５月９日・２３日・３０日・６月６日
火曜日 午後４時２０分〜５時５０分
- 場所：
駒場 教養学部 572号室 （講義）
情報教育南棟大演習室１ （演習）
- 内容：
データ構造とアルゴリズム 探索問題 パズルの解法
- 備考：
萩谷先生･西田先生と共同
- WEBページ
学部３年
- 知能システム論
- 理学部情報科学科
- 日時：
平成１５年度冬学期
木曜日 午前１０時１５分〜１１時４５分
- 場所：
本郷 理学部７号館
- 備考：
辻井先生と共同
- WEBページ
- 情報システム概論
- 理学部生物情報科学学部教育特別プログラム
- 日時：
平成１６年度夏休みの集中講義
7月２８，２９，３０日
- 場所：
本郷 理学部旧１号館１５０号室 へ変更
- WEBページ
- 情報システム概論
- 理学部生物情報科学学部教育特別プログラム
- 日時：
平成１７年度夏休みの集中講義
7月２７，２８，２９日
- 場所：
本郷 理学部３号館４１２号室
- WEBページ
学部４年
- データベース論 (終了)
- 理学部情報科学科
- 日時：
平成１５年度夏学期
水曜日 １０時１５分〜１１時４５分
- 場所：
本郷 理学部７号館２１４号室
- 内容：
データベース更新 トランザクション管理
- 備考：
高木先生と共同
- WEB
ページ
- 人工知能概論
- 理学部生物情報科学学部教育特別プログラム
- 日時：
平成１６年度
- 場所：
本郷 理学部３号館４１６号室
- 講義ノート
- 人工知能概論
- 理学部生物情報科学学部教育特別プログラム
- 日時：
平成１７年度
- 場所：
本郷 理学部３号館４１２号室
- 講義ノート
大学院
大学院
- データベース特論
Ｉ （理学系大学院 情報科学専攻）
- 複雑計算論（新領域創成科学研究科
複雑理工学専攻）
- 日時： 平成１２年冬学期 毎週金曜日
午前10時15分から午前11時45分
- 場所： 理学部７号館１０２講義室
- Webﾍﾟｰｼﾞ
大学院
- データベース特論
ＩＩ （理学系研究科情報科学専攻）
複雑計算論 （新領域創成科学研究科 複雑理工学専攻）
- 日時：
平成１１年度冬学期
金曜日 １０時１５分〜１１時４５分
- 場所：
本郷 理学部７号館
- 内容：
データベース問合せ文 データマイニング
- WEBページ
大学院
- 「WWW からデータマイニング（機械学習）する最近の技術」 (終了)
- 複雑計算論（新領域・複雑理工学）、VLDB論（情報理工学系・コンピュータ科学）
- 日時： 平成１５年夏学期 木曜日 14:45〜16:25
- 場所： 理学部７号館１０２号室
- Webページ
大学院
- バイオ統計・データマイニング概論
- 情報生命科学専攻
- 柏・情報生命科学・細胞生体機能シミュレーション棟・講義室
- 夏学期 火曜日 13:00-14:40
- 講義ノート
イントロダクション pdf
クラスタリング pdf
クラス分類 pdf
アソシエーションルール pdf
SVM pdf
large-scale genome sequence processing pdf
(「ラージスケール化に技法」以降を紹介)
- 7月13日(火)は休講
- レポート課題
pdf
大学院
大学院
学部３年
- 生物情報ソフトウエア論
- 理学部生物情報科学学部教育プログラム
- 日時：
集中講義、2007/7/30〜8/3、1限〜3限(8:30〜14:30)
場所： 本郷 理学部３号館４１２号室
- 教科書 LARGE-SCALE
GENOME SEQUENCE PROCESSING 第１〜７章を講義予定
- 試験 ８月３日（金）午後１時ー午後２時半 理学部３号館４１２号室 ノート持込可
- 講義予定
- 7/30 １、２章
- 7/30 ２，３，４章
- 8/1 ４章
- 8/2 ５，６章
- 8/3 ６章（できれば７章）
学部４年
- バイオデータマイニング 理学部生物情報科学学部教育プログラム
バイオ統計・データマイニング概論 情報生命科学専攻
- 日時： 2007/4/10 - 7/17、毎週木曜日6限(18:30〜20:00)、
- 場所：
本郷 理学部３号館４１２号室
- WEBページ
大学院
- wwwデータベース技術 情報生命科学専攻
場所 柏・情報生命科学・情報生命実験棟・講義室
日程 11月 5,12,19,26日
- 講義ノート
pdf （レポート課題は pdf ファイル中）
- レポート提出先 斉藤助教 leo AT cb.k.u-tokyo.ac.jp
〆切 2007年12月14日（厳守）
学部４年
- バイオデータマイニング 理学部生物情報科学学部教育プログラム
バイオ統計・データマイニング概論 情報生命科学専攻
- 日時： 2008/4/ 4/8, 15, 22,
5/20, 27, 6/3、毎週火曜日6限(18:30〜20:00)、
- 場所：
本郷 理学部３号館４１２号室
- WEBページ
大学院
- 情報生命科学基礎 I
日時： 2008/6/24, 7/1, 3限
- 6/24 学習アルゴリズム AdaBoost pdf
- 7/1 講義に使用する参考書
Neil C. Jones (著), Pavel Pevzner (著)
An Introduction To Bioinformatics Algorithms (Computational Molecular
Biology)
ISBN:0262101068
Publisher:Bradford Books
Chapter 4: Exhaustive Search
学部３年
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